Thèse Année : 2022

Staphylococcus capitis and sepsis in very premature neonates : deciphering the mechanisms of diffusion, persistence and pathophysiology

Staphylococcus capitis et sepsis chez les grands prématurés : étude de la diffusion, de la persistance et des mécanismes physiopathologiques

Résumé

In neonatal intensive care units (NICUs), Staphylococcus capitis is a major pathogen responsible for severe nosocomial sepsis in preterm neonates. In previous works, our team has identified the clone S. capitis NRCS-A and has established its endemicity in NICUs worldwide. The aim of the present thesis was to decipher the mechanisms involved in the ability of the clone S. capitis NRCS-A to colonize the NICU settings and to persist in this environment under various stresses such as desiccation, nutritional deprivation and disinfection. Under nutritional stress, using an in vitro model we highlighted that the NRCS-A clone was able to strongly adhere and to produce a thin biofilm in a larger amount than other clinical strains of the same species. This clone was also able to tolerate desiccation for at least 48 hours. In addition, an in situ study conducted in a NICU highlighted the inefficacy of the standard protocol used for neonatal incubator disinfection and based on bathing or wiping with a detergent/disinfectant product. These results led to the implementation of a new protocol based on steam pulverization at high pressure and high temperature but in another study we observed that this protocol did not significantly provide better results. In this context, an innovative biocontrol method based on a bacteriophage cocktail targeting specifically the NRCS-A clone was tested and showed promising first results. Thus, this translational study brings new insights into the environmental persistence of the NRCS-A clone and pave the way for new biocontrol solutions.
Dans les unités de réanimation néonatale (URNs), Staphylococcus capitis est un pathogène majeur à l’origine de sepsis nosocomiaux sévères du nouveau-né prématuré. Les travaux précédemment menés au sein de l’équipe ont permis d’identifier le clone S. capitis NRCS-A qui est endémique à l’échelle mondiale dans les URNs. L’objectif de cette thèse était de comprendre les mécanismes impliqués dans la capacité de colonisation et de persistance du clone dans cet environnement soumis à divers stress comme la dessiccation, le manque de nutriments et les molécules désinfectantes. En condition de stress nutritif, il a été mis en évidence in vitro que le clone NRCS-A était capable d’adhérer plus fermement et de former un fin biofilm plus dense en bactéries que d’autres souches cliniques de la même espèce. Le clone était également capable de persister en situation de dessiccation pendant au moins 48 heures. D’autre part, une étude menée in situ dans une URN a permis d’alerter sur le manque d’efficacité du protocole standard de décontamination des incubateurs de néonatologie utilisant un détergent/désinfectant chimique. L’implémentation d’un nouveau protocole basé sur la pulvérisation de vapeur à haute pression n’a pas non plus permis d’obtenir une désinfection satisfaisante. Dans ce contexte, une solution innovante de biocontrôle ciblant spécifiquement le clone NRCS-A et basée sur l’utilisation d’un cocktail de bactériophages a été testée in vitro et a montré des résultats prometteurs. Ainsi, cette étude translationnelle apporte des bases utiles pour la compréhension de la persistance environnementale du clone NRCS-A mais ouvre aussi la voie vers de nouvelles solutions de biocontrôle.
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Dates et versions

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  • HAL Id : tel-04963003 , version 1

Citer

Marie Chavignon. Staphylococcus capitis et sepsis chez les grands prématurés : étude de la diffusion, de la persistance et des mécanismes physiopathologiques. Microbiologie et Parasitologie. Université Claude Bernard - Lyon I, 2022. Français. ⟨NNT : 2022LYO10229⟩. ⟨tel-04963003⟩
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