L’intégration des légumineuses dans les agrosystèmes est primordiale du fait de leur rôle central pour l’alimentation humaine et animale et pour la santé des sols grâce à la fixation d’azote (N) atmosphérique via la symbiose racinaire avec les rhizobia du sol. Cependant, les légumineuses sont exposées à un large éventail de stress abiotiques et biotiques, affectant leur croissance et leur rendement. Cet impact négatif sur la performance des plantes risque de s'aggraver avec le réchauffement climatique qui va favoriser l’exposition à des stress combinés. Les stress abiotiques peuvent i) altérer la symbiose rhizobia-légumineuses, ii) modifier la réponse des plantes aux maladies et la virulence des pathogènes. Face à ces contraintes environnementales, les plantes ont développé des réponses variées de défense et d'adaptation en modifiant leurs caractéristiques morphologiques, physiologiques, biochimiques jusqu'au niveau moléculaire. Pourtant, la compréhension des mécanismes de tolérance à des stress combinés ainsi que de l’interaction rhizobia-légumineuses sous contrainte abiotique reste limitée. Dans ce contexte, cette thèse vise à étudier (i) les voies d’adaptation à la déficience en phosphore (P) et les relations avec la symbiose nodulaire chez le pois chiche (Cicer arietinum), troisième légumineuse économiquement la plus importante, (ii) les mécanismes de tolérance à des stress combinés, abiotique (la salinité) et biotique (la verticilliose, causée par le champignon du sol Verticillium alfalfae), chez une légumineuse sauvage, Medicago truncatula. Le premier volet de ce travail a porté sur l'impact de la déficience en P sur la croissance, le rendement, la germination et la symbiose rhizobienne de sept cultivars de pois chiche durant deux campagnes agricoles. Des mécanismes d'adaptation pour maintenir l'efficacité des processus physiologiques tels que la fixation symbiotique de N et la germination ont été révélés. Une grande variation génotypique a été observée pour les composantes du rendement, l'acquisition de P et de N, et l’efficacité d’utilisation du P (PUE), avec un découplage génétique entre efficacité d'acquisition et d’utilisation du P. Enfin, cette étude, qui souligne le rôle des nodules dans l'absorption de P dans les sols déficients en ce macroélément, a permis d’identifier un ensemble de cultivars de pois chiche adaptés aux conditions de déficience en P, présentant un métabolisme efficace de N et P et une productivité supérieure (Djouider et al. 2022). Le second volet de ce travail a porté sur l’étude du contrôle génétique de la résistance au pathogène racinaire V. alfalfae au sein d’une population tunisienne de M. truncatula soumise ou non à un stress salin. L’analyse des paramètres de maladie a montré une interaction significative entre le génotype de la plante et le traitement au sel et a révélé des accessions potentiellement intéressantes avec une tolérance accrue aux stress combinés. Si le stress salin augmente majoritairement les symptômes des lignées les plus sensibles, l'activation précoce des défenses contre le stress salin pourrait aider certaines accessions à surmonter la maladie. L'analyse de génétique d'association a révélé différents contrôles génétiques de la réponse à la verticilliose en réponse à l’inoculation avec le pathogène seule ou combinée au stress salin. Plusieurs loci sur les chromosomes 1, 3, 4, 5, 7 et 8 ont été détectés, sans chevauchement en conditions salines et non salines. Quatorze gènes candidats impliqués dans la résistance aux maladies, la tolérance aux stress abiotiques, le transport membranaire et le développement ont été identifiés dans le cas de stress combinés. Enfin, nos résultats soulignent l'importance d'explorer le germoplasme original et sous-utilisé pour découvrir de nouvelles sources génétiques d’adaptation aux stress utiles aux programmes de sélection pour améliorer la tolérance à la déficience en P ou à des stress combinés.